Hindu Kush ed il Karakorum formano una barriera contro il monsone estivo che si scarica sulle piane più a sud, ma queste montagne proteggono anche le valli dai gelidi venti provenienti dall'Asia centrale e dalla Siberia. Il Karakorum é quindi caratterizzato da un clima complessivamente secco con una piovosità differente fra i versanti meridionali e quelli settentrionali. Le valli meridionali della catena (Gilgit, Hunza, Baltistan) risentono, nella stagione estiva, delle «code di monsone» che arrivano nella valle dell'Indo ed oltrepassano Ladakh e Deosei, recando brevi ed intensi periodi di maltempo con nevicate in quota e pioggia nei fondovalli. In estate il tempo è quindi variabile: ad un periodo di sette-otto giorni di sereno seguono alcuni giorni di copertura nuvolosa e di pioggia. La perturbazione blocca gli alpinisti in quota, l'acqua incanalata nei torrenti distrugge le strade bloccando il traffico per qualche giorno. Queste perturbazioni comportano una pioggerellina fastidiosa che non impedisce la marcia agli escursionisti, le nuvole precludono per giorni interi la vista del panorama ed impediscono le ascensioni alpinistiche. Anche nelle ore notturne il termometro non scende sotto lo zero ed di giorno il sole arroventa le pietre, l'escursione termica è notevole e ciò richiede una adeguata attrezzatura. Un'altra caratteristica del clima sono, nelle oasi, i temporali quotidiani che si scatenano per l'inversione termica: nuvoloni nei, vento fortissimo, sabbia che preclude la vista e... poca pioggia. Tanto rumore per nulla...

La varietà di clima abbinata ad una differente altitudine fra fondovalle ed alpeggi estivi comporta quindi temperature diversissime da luogo a luogo e da stagione a stagione.

I territori del nord sono, come latitudine, all'altezza della Tunisia, una latitudine calda che compensa l'effetto quota e che permette di spingere il limite delle nevi a 4500, 5000 metri (anche se i ghiacciai scendono fino a 3800) il che favorisce l'agricoltura delle oasi.

Nelle regioni più base diventa incredibilmente caldo in estate, la temperatura può variare dai 35° ed oltre dei 1500 metri per raggiungere il gelo in alta quota.